|
|
Infection pathway of Hymenoscyphus fraxineus and its interactions with ash mycobiota
Haňáčková, Zuzana ; Koukol, Ondřej (vedoucí práce) ; Adamčíková, Katarína (oponent) ; Botella Sánchez, Leticia (oponent)
Nekróza jasanu je choroba, která na začátku 21. století zasáhla populace původních druhů jasanů v celé Evropě. Způsobuje nekrotické skvrny na listech, nekrózy výhonů a větví a především u mladých jedinců celkové odumření stromu. Nekrózou jasanu je napadán obzvláště F. excelsior. Původcem onemocnění je nepůvodní vřeckovýtrusná houba z Asie - Hymenoscyphus fraxineus. Cíle této dizertační práce byly následující: 1) studovat populační strukturu H. fraxineus na různých škálách - na regionální škále (české populace) a na úrovni jednotlivých řapíků, toto měřítko mělo sloužit k potvrzení infekční cesty patogenu; 2) objasnit efekt H. fraxineus na saprotrofy v opadu (jmenovitě H. albidus) a 3) porovnat endofytickou mykobiotu tolerantních a citlivých stromů a testovat antagonistické interakce těchto hub proti patogenu. Analýza českých populací zjistila nižší průměrnou genovou diverzitu v porovnání s dalšími evropskými populacemi. Jedna česká populace se od zbytku signifikantně lišila kvůli nejnižší hodnotě allelic richness a velmi nízké průměrné genové diverzitě. Výsledky naznačují, že i přes minimální rozdíly mezi evropskými populacemi můžou lokální ekologické nebo epidemiologické faktory ovlivňovat strukturu populací H. fraxineus. V navazující studii byly izolovány a genotypovány kmeny H. fraxineus z řapíků...
|
|
|
Phylogeography and genetic diversity of the populations of Gobius niger (Gobiiformes: Gobiidae)
Hradečný, Jakub ; Vukićová, Jasna (vedoucí práce) ; Perdices, Anabel (oponent)
Hlaváči (Gobiiformes: Gobiidae) jsou nejpočetnější rybí čeledí a nejvíce zastoupenou skupinou ryb obývající evropské pobřeží. Genetická diverzita evropských hlaváčů byla doposud studována pouze u několika málo druhů. Ačkoli se mořské prostředí jeví jako homogenní, existují zde bariéry bránící genovému toku, například v podobě průlivů či mořských proudů. Hlaváč černý (Gobius niger) obývá pobřežní vody Evropy, severní Afriky a také středozemní a černomořské pobřeží Blízkého východu. Jedná se o bentický druh hlaváče, který má v rámci životního cyklu planktonní larvální stadia. V rámci této práce byli studovaní jedinci z 28 lokalit napříč areálem rozšíření, s cílem studia vnitrodruhové genetické diverzity. Analýza dvou mitochondriálních genů (cytochrom b a D loop) odhalila komplexní populační strukturu a výraznou vnitrodruhovou diverzitu (maximální p-distance 6,1 %). Populace je rozčleněna na čtyři velmi rozdílné haplotypové skupiny, s neočekávaným geografickým rozložením. Zatímco populace obývající Atlantský oceán a Severní moře je geneticky homogenní a všichni studovaní jedinci nesou haplotypy patřící do stejné haplotypové skupiny, středomořská populace je velmi komplexní, a vykazuje přítomnost čtyř haplotypových skupin, z nichž některé jsou sdílené i mezi vzdálenějšími regiony. V západním středomoří...
|
|
| |
|
| |
|
|
Application of molecular methods in population genetic studies
Šurinová, Mária
Velké spektrum faktorů může formovat genetickou strukturu populací rostlin. V této disertační práci se soustředím na dva z nich. První faktor, polyploidizace, je proces množení chromozomových sad prostřednictvím duplikace celého genomu v rámci jednoho druhu (autopolyploidia) nebo hybridizace genomů dvou různých druhů (alopolyploidia). Tento proces rychle přináší nové varianty do genomů, což umožňuje druhům obsadit odlišné arealy, přizpůsobit se novým biotopům a kolonizovat je nebo se přizpůsobit měnícímu se prostředí v jejich původním areálu. Výhody polyploidizace jsou spojeny s nevýhodami v podobě komplikací v mitóze a meióze a změnami v buněčné architektuře. Kromě toho, po vytvoření cytotypu se noví jedinci musí vypořádat s efektem vyloučení cytotypu, konkurencí s rodičovskými jedinci a vyššími požadavky na živiny. V této práci představuji vliv polyploidizace na populace tří druhů - Arabidopsis arenosa, Aster amellus a Festuca rubra. Druhým faktorem měnícím genetickou strukturu populací prezentovaných v této práci je fragmentace populací. Fragmentace populace může být způsobena přírodními nebo antropogenními aktivitami a často vede k celkovému snížení velikosti populace a snížení konektivity mezi fragmenty. Omezený tok genů může ohrozit dlouhodobé přežití populace v důsledku inbrední deprese a...
|
|
|
Chromosom Y v hybridní zóně myší
Rubík, Pavel ; Munclinger, Pavel (vedoucí práce) ; Zemanová, Barbora (oponent)
Zóna kontaktu mezi poddruhy myši domácí Mus musculus musculus a Mus musculus domesticus je jednou z nejintenzivněji zkoumaných hybridních zón. Je tomu tak i díky zjištěné rozsáhlé introgresi chromozomu Y poddruhu M. m. musculus na genetické pozadí M. m. domesticus. Jedna z teorií o vzniku této introgrese jej vysvětluje pomocí intragenomického konfliktu mezi pohlavími. Díky sadě variabilních mikrosatelitových markerů na chromozomu Y jsem zkoumal platnost této teorie jednoduchými přístupy odhalujícími historii introgresní oblasti. Ukázalo se, že příliš velká variabilita našich markerů znemožňuje odhalení platnosti této teorie. Oproti tomu se naše markery ukázaly jako vhodné k použití v analýzách populační struktury myši domácí. Dokážeme díky nim určovat migranty mezi jednotlivými lokalitami i odhadovat míru uzavřenosti populační struktury vůči migrantům z okolí. Populace se v našich analýzách ukázaly jako poměrně uzavřené a odolné vůči přílivu migrantů. Navzdory závěrům z předchozích výzkumů, kdy disperze samců probíhala maximálně do jednoho kilometru, jsem odhalil i poměrně značný počet migrací na vzdálenosti do třiceti kilometrů. Klíčová slova Mus musculus musculus, Mus musculus domesticus, chromosom Y, introgrese Y chromosomu, populační struktura, migrace, hybridní zóna
|
|
|
Populační struktura vlka obecného (Canis lupus)
Říhová, Jana ; Hulva, Pavel (vedoucí práce) ; Pivnička, Karel (oponent)
Vlk obecný (Canis lupus) je historicky nejrozšířenější šelmou, jehož původní areál zahrnoval většinu severní polokoule. Ambivalentní vztahy člověka k tomuto predátorovi vyústily na jednu stranu ve vyhubení tohoto druhu na velké části jeho areálu, ne druhou stranu vedly k evoluci psa, unikátního domestikanta s obrovskou fenotypovou variabilitou. Snahy ochranářské biologie v posledních desetiletích vedly ke změně vnímání role velkých šelem v ekosystémech, v jejichž důsledku vlk rekolonizuje mnoho oblastí, z nichž byl vytlačen, včetně České republiky. To sebou nese zvýšení zájmu o tento taxon mezi odbornou i laickou veřejností. Předkládaná literární rešerše má za cíl shromáždit publikované literární údaje týkající se distribuce, fylogeografie, populační struktury, sociálního a prostorového chování vlka obecného. Součástí jsou i kapitoly o domestikaci psa a jeho hybridizaci s jeho divokým předkem.
|
|
|
Vnitřní struktura balkánského refugia na modelu Erinaceus roumanicus
Eliášová, Kristýna ; Černá Bolfíková, Barbora (vedoucí práce) ; Zemanová, Barbora (oponent)
Tato práce byla zaměřená na popis prostorové distribuce genetické variability ježka východního (E. roumanicus) zejména v rámci Balkánského poloostrova a střední Evropy, neboť tyto oblasti jsou klíčové pro pochopení vlivů pleistocénních oscilací klimatu na genetickou architekturu druhu. Na základě této prostorové distribuce byly vytvořeny hypotézy ohledně možné strukturovanosti balkánského refugia. K analýze bylo použito celkem 260 jedinců a 9 mikrosatelitových lokusů. S pomocí postupů krajinné a populační genetiky bylo identifikováno několik možných izolovaných subpopulací v rámci zkoumaného areálu. Unikátní se ukázala být populace původem z Kréty, ovlivněná patrně mechanismy ostrovní evoluce. Výrazněji odlišná od zbytku areálu se jeví také populace z České republiky, nacházející se v sekundární kontaktní zóně s druhem E. europeaus, kde se mohou projevovat mezidruhové interakce a případná introgrese. V oblasti Rumunska a oblasti jihu Balkánského poloostrova byly identifikovány největší genetické distance mezi jedinci, související s výskytem geografických bariér a možnou přítomností glaciálního subrefugia. Další identifikované subpopulace pocházely z oblasti Slovenska a Maďarska, Slovinska, Chorvatska a Bosny a Hercegoviny, Rumunska a jihu Balkánského poloostrova. Klíčová slova: Balkánský...
|
|
|
Diverzita, rozšíření a genetická struktura tribu Pipistrellini
Eliášová, Kristýna ; Hulva, Pavel (vedoucí práce) ; Fornůsková, Alena (oponent)
Tato literární rešerše diskutuje fylogenetické vztahy v rámci čeledi Vespertilionidae, s podrobným zaměřením na tribus Pipistrellini a následně vztahy jednotlivých rodů a druhů uvnitř tohoto tribu. Obsahuje historický přehled snahy o rozřešení fylogenetických vztahů uvnitř taxonu nejprve na základě morfologických studií, porovnání karyotypu a nejnověji na základě genetických markerů. Mitochondriální genetické markery jsou užitečné při studiu fylogeografie, jak tato práce ukazuje na příkladu druhového komplexu Pipistrellus pipistrellus s.l. a na druzích Nyctalus azoreum, Nyctalus leisleri, Nyctalus noctula a Pipistrellus abramus. Dále tato práce popisuje současnou distribuci jednotlivých taxonů tribu, fosilní záznam a migrační chování evropských temperátních druhů, dané do souvislosti s jejich populační strukturou (též studovanou u některých druhů pomocí mtDNA a mikrosatelitů) a v příloze zobrazuje areály rozšíření všech pěti rodů tribu Pipistrellini. Klíčová slova: Pipistrellini, fylogenetika, fylogeografie, distribuce, populační struktura
|
|
|
Application of molecular methods in population genetic studies
Šurinová, Mária ; Münzbergová, Zuzana (vedoucí práce) ; van Loo, Marcela (oponent) ; Mandák, Bohumil (oponent)
Velké spektrum faktorů může formovat genetickou strukturu populací rostlin. V této disertační práci se soustředím na dva z nich. První faktor, polyploidizace, je proces množení chromozomových sad prostřednictvím duplikace celého genomu v rámci jednoho druhu (autopolyploidia) nebo hybridizace genomů dvou různých druhů (alopolyploidia). Tento proces rychle přináší nové varianty do genomů, což umožňuje druhům obsadit odlišné arealy, přizpůsobit se novým biotopům a kolonizovat je nebo se přizpůsobit měnícímu se prostředí v jejich původním areálu. Výhody polyploidizace jsou spojeny s nevýhodami v podobě komplikací v mitóze a meióze a změnami v buněčné architektuře. Kromě toho, po vytvoření cytotypu se noví jedinci musí vypořádat s efektem vyloučení cytotypu, konkurencí s rodičovskými jedinci a vyššími požadavky na živiny. V této práci představuji vliv polyploidizace na populace tří druhů - Arabidopsis arenosa, Aster amellus a Festuca rubra. Druhým faktorem měnícím genetickou strukturu populací prezentovaných v této práci je fragmentace populací. Fragmentace populace může být způsobena přírodními nebo antropogenními aktivitami a často vede k celkovému snížení velikosti populace a snížení konektivity mezi fragmenty. Omezený tok genů může ohrozit dlouhodobé přežití populace v důsledku inbrední deprese a...
|
host ::
RSS.